脑子缺根弦儿的九能带刀（鈴置洋孝 饰）路过邪马台古董店，在店内看到了极为珍贵的凤凰蛋。传说只要拥有这枚蛋，便可领会到威力无比的魔剑凤凰剑。为了打败宿敌乱马（山口勝平 饰），成为至高无上的强者，九能强买下凤凰蛋。不过店主（北村弘一 饰）叮嘱，无论如何千万不能将蛋放在头顶，否则将由可怕的事情发生。不幸的是，乱马无意中将蛋放在了九能的头上，一只长相奇怪的鸟儿诞生了。它帮助九能成为足以打败任何对手的强者。争强好胜的乱马无论如何都要挽回面子…… 本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版第3部。
柯南等人受邀前往大阪参与电影《大怪兽哥美拉VS假面超人》的揭幕式，但制片人米仓却在库房离奇死于巨大怪兽道具的身下。众人用来系住怪兽的绳子被锋利物体划断，大阪警署认为这绝不仅是一场简单的事故......
2033年，人类阻挡小行星撞击地球的计划失败了，人类灭亡了，而被遗忘在月球上的中等动物研究员独孤月幸运的活了下来，成为全宇宙最后一个人类。但这并不值得高兴，虽然月球基地物资充沛，除此之外，陪伴他的只有无尽的孤独。他开始锻炼身体、探索基地、创作漫画，不知不觉竟然将自己在月球上的孤独生活过出了乐趣。然而他不知道的是，基地摄像机将他的视频画面传回了地球，全球的幸存人类在地球上直播观看他的月球生活，并将他视为榜样。直到有一天，他发现自己没动过的蛋糕上有一个牙印.....难道月球上还有什么别的存在？
