陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
为了想看鲸鱼的结衣，桐人等人一起挑战 ALO 世界的水中任务，但却发现莉法不会游泳的惊愕事实，于是亚丝娜、西莉卡、莉兹贝特等人决定在现实世界的室内游泳池为她做特训…...，而桐人要与某人见面。
明治时代后期，有着“不死之身杉元”外号的日俄战争英雄杉元佐一，因故需要筹措金钱而来到了北海道。他无意间听说阿伊努人手中的财宝被抢夺的传闻。据说宝藏秘密被刻在24名越狱犯身上的刺青，寻宝过程之中，杉元遭受到棕熊的袭击，并且被一名阿伊努人少女“阿席莉帕”所救。紧接着，有如呼应杉元的行动一般，从以前就一直以宝藏为目标在暗中行动的“第七师团”以及背负刺青的越狱犯们的行动也开始浮上台面。这场为求一夕致富的生存竞赛，究竟会如何发展……！？
建文等人为了救出七里，决定前往阿夏号，在阿夏号上遇到了女海盗七杀的刁难，艰难险阻之下救下了七里，但七里却因为自身背负的家族命运无法与建文离开，正当建文踟躇之时，燕王登基消息传来，又恰逢海藏珠现世，阿夏号上要召开比武大会；建文为了报仇，便下定决心要获得海藏珠的力量，开始苦练准备起比武大会。此时阴阳师等人复活邪神的阴谋也陆续浮出水面，建文在阿夏号上与阴阳师等人斗智斗勇。另一方面，骑鲸商团铜雀的到来，给七杀带来了新的消息，建文也许便是解开这一系列阴谋的“命定之人”，建文等人的故事又将走向何方呢？
