在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
故事讲述突如其来的未知生命体“Gadoll”，使人类长年陷入灭亡的危机，生存下来的人们为了保护自己，建造了高度3,000M 的巨大移动要塞“DECA-DENCE”。 DECA-DENCE的居民分为日夜与 Gadoll 战斗的战士“Gear”，以及没有战斗能力的“Tanker”。憧憬并梦想成为战士的少女・夏目，冷淡的装甲修理人・镝木，不放弃希望、努力向前的少女与舍弃梦想的现实主义男人，看似极端相反的两人，因他们的相遇而让世界的未来有了巨大改变。
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
