《呼噜小精灵第二季》继续讲述发生在来自睡不醒王国的呼噜小精灵和男孩可乐之间的故事。
故事发生在明朝永乐年间。江阁老爱女江晓萱（贡米 饰）违太后旨意，不愿与金府公子金元宝（霍建华 饰）成婚，在大婚之际出逃，侠女玉麒麟（唐嫣 饰）为调查金元宝真实身份而来，却阴差阳错代江晓萱嫁入金府。由于自幼生长在山野，脾气秉性与贵族家庭格格不入，玉麒麟闹出了不少笑话，但是她的真性情也同时虏获了假夫君金元宝的心。金夫人（邬君梅 饰）的侄儿柳文昭（王阳 饰）欣赏玉麒麟的正直率真，但慑于这桩亲事乃太后赐婚，他只能暗中使绊。逃婚的江晓萱被金府的大夫顾长风（黄明）无意间从歹人手中救出，化名雪儿阴差阳错住进了金府，并跟长风日久生情。 代嫁的秘密让玉麒麟和江晓萱在金府如履薄冰，金元宝的身世之谜也呼之欲出，这究竟是天定的良缘还是命运的恶意玩笑？
解放前夕，漂亮的阿静为躲避城防司令的儿子卢天丰的纠缠而进了国民党军统特务学校。阿静被学校特务头目黄飞强奸。特务学校的训练极其残酷，一个被抓回的逃跑女生被狼狗活吃了。阿静等人学习窃听、跟踪、色诱、下毒、绑架、杀人，被训练成外表美丽但心狠手辣的杀人机器。 为解放区运药的地下游击队员被军统抓获，军统想由此破获解放区整个药品渠道，于是阿静被派遣与药商纪老板结婚。在监狱中，阿静被安排和一个共产党员的妻子沈薇关在一起……杂牌军罗司令的副官领图女色和金银，在女特务的诱惑威逼下做了奸细…… 解放了，军统留下骨干特务分子潜伏下来，潜伏特务大肆搞暗杀，炸电厂等破坏活动，解放军军管会主任施卫与敌特斗智斗勇，终将军统特务全部抓获。
《高瞻日报》副刊副总编辑钟国柱（岳华 饰）从业多年，德高望重。国柱也是业界享誉盛名的铁笔食评家，尝尽天下美味，却一直秉承每晚回家吃饭的宗旨，与工作狂的一面大相径庭，家庭观念极重。国柱的弟弟钟国栋（欧锦棠 饰）因为一次意外事故而对国柱一直耿耿于怀，与国柱面和心不合。国柱寄厚望于留学加拿大的大儿子钟思翰（陈智燊 饰）身上，一心望子成龙。然而思翰的梦想却是立志成为一名甜品师。香港美女厨神岑贝儿（田蕊妮 饰）事事追求完美，对待烹饪更是一丝不苟，力求极致。思翰为了提升烹调技术，自荐成为“魔鬼导师”贝儿的助手。不仅如此，身为后母的窦桂森（马海伦 饰）唯恐自己做得不够周全，生怕自己的女儿钟思雅（龚嘉欣 饰）与思翰关系不和。钟家是一个典型的传统家庭，迥异的家庭观念让家中风波不断，含蓄内敛的性格更让彼此爱在心口难开。
画家郑板桥（王喜 饰）怀揣着报效国家的远大理想来到了扬州，期望自己能够在此施展抱负，然而现实残酷，等待着他的是不断的挫折和失败。终于，郑板桥如愿以偿进入了官场，却发现其中贪官污吏横流，完全不是他所想象的模样。 在扬州，郑板桥邂逅了名为王一姐（黎姿 饰）的青楼女子，被其可怜的身世所打动，两人坠入了情网，然而这段感情遭到了王一姐之母的反对和阻挠，最终，郑板桥含恨娶了自己并不喜欢的徐氏（陈松伶 饰）为妻。在两人朝夕相处的日子里，善良温柔的徐氏渐渐获得了郑板桥的真心，可是，在一场意外中，徐氏为救郑板桥而死，临终前，她恳求郑板桥同饶五妹（胡杏儿 饰）结为夫妻。
