1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！
The New Gate是一部大型多人线上游戏，而玩家被迫困在这个游戏里进行死亡游戏，若是不打赢最终BOSS的守护者，便无法登出游戏。男主角进是The New Gate的老手集最强玩家之一，在打赢守护者后，系统传来了游戏破关，能够执行登出的时候，本来打算确认完全部玩家登出后再登出时，身后却出现一道未曾看过的大门，伴随著强光而打开的大门，进醒来后却发现自己身处于与游戏相同的世界，并辗转得知自己穿越到游戏破关500年后的世界……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
高二的不良少年佐佐木与高一的腐男子宫野，坚决不走BL路线的男子高校日常生活（Boys Life），因为一起校内的纠纷促使两人结缘，之后两人的关系变得越发微妙......
