过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来......
镇西侯府小公子百里东君离家出走、闯荡江湖，未曾想卷入是非漩涡，师父古尘身死、家族备受皇室忌惮，江湖的残酷展现在少年的眼前。为了寻找自己的道路、守护重要的人，百里东君随此前结交的北离八公子前往天启城稷下学堂习武。在那里，百里东君与至交好友叶鼎之相识，成为了天下第一李长生的弟子，遇到了很多后来将改变他一生的人物，开启了他的江湖传奇……
小时候搬来这个海滨城镇的由坂健次，眼里看到的，是一望无际的大海被日光照射后呈现的那一片玻子汽水般的色彩。健次在那海边同一位少女相遇。少女的名字叫做近卫七海，就住在健次新家的隔壁，窗对窗仅有1、2米伸手可及的距离。 四季转变，时光飞逝。他们两人的回忆和一起度过的岁月一起渐渐堆积。一如既往的每一天，自然而然的情感，对他们来说，这些就是如同宝物一般。日光渐渐刺眼，蝉叫依稀可辨，天空愈发湛蓝……今年的夏天也来了，对健次和七海来说平常却又有些许改变的夏天……
