神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
2100年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。.. 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。在宇宙探索过程中，他们还发现了外星精灵，这些精灵们成为了赛尔机器人探寻新能源的重要帮手和伙伴。而以宇宙海盗欧比组织为首的邪恶势力正在肆意掠夺宇宙资源，为了挫败他们的阴谋，英勇的赛尔们和正义的精灵伙伴们一起为守护宇宙和平而战……
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
