故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。 その歩みを止められるのは、“聖杯”たる美遊の犠牲のみ。 世界か、美遊か——。 “世界の救済”を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、 イリヤが出した答えは、両方救うという単純な“ワガママ”だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。 団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。 あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。 それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。 美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。
2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……
东汉末年，天下大乱。曹操讨董卓、迎天子、战官渡，成为一代英豪，与袁绍和刘协等人一起用选择和行动回答了“我从哪里来？我的使命是什么？我是天上哪颗星？”
