青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
小桥若叶（小泽亚李 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，从出生那一刻起就过着锦衣玉食的尊贵生活。这样的她本来可以进入贵族学校水莲女学院，和许多同她一样的千金一起学习生活，却因为成绩实在太差而考入了普通的女子高中。就这样，完全不谙世事，对成为辣妹有着无限幻想的若叶成为了一名普通的女高中生。 个性天真懵懂，拥有一手好厨艺的时田萌子（井泽美香子 配音）、特立独行，总是按照自己的想法行动的酷女孩黑川真鱼（市道真央 配音）、拥有高超的运动天赋却整日沉迷在腐女子的世界中的眼睛少女真柴直（村川梨衣 配音），在新的学校里，若叶很快就结交到了三名好友。
同时拥有显赫出身和悲痛过去的卡路尔·阿巴斯（花江夏树 配音），以庶民的身份和无血缘的妹妹艾丽尔（竹达彩奈 配音）登上伊斯拉，前往凯格斯高中飞行科学习。伊斯拉是一座漂浮在半空中的陆地，由巴雷特洛斯共和国等三个国家共同管理。在动力的驱动下，伊斯拉开启了遥远的征程，前往传说中的圣泉寻找“天空的尽头”。然而仅有极少数领导层成员知道，伊斯拉此行还有另一个不可告人的使命。卡路尔偶然邂逅了贵族女孩克莉亚·库鲁斯（悠木碧 配音），他们彼此互生好感，并结成飞行训练搭档，但卡路尔却不知晓他和这个女孩有着怎样痛苦的孽缘。满怀理想的少男少女遨游长空，等待他们的是何等严酷的命运…… 本片根据犬村小六（小说）、森泽晴行（插画）创作的轻小说改编。
