冈崎由真（加隈亚衣 配音）是一个性格非常单纯的可爱女孩，正在同名叫武田（逢坂良太 配音）的男生交往。对于爱情一窍不通的由真常常会因为武田的热情而感到不知所措，因此总是和自己的青梅竹马水科萤（五十岚裕美 配音）商量。于是，萤开始了对由真的“爱情特训”，在练习中，两人难免会有些肢体上的亲密举动，让由真没有想到的是，自己的内心竟然会因为萤的触碰而小鹿乱撞。 水科萤也有着在交往的额男友藤原（小野大辅 配音），藤原虽然看上去漠视一切，但实际上格外的敏感，他渐渐意识到了女朋友对于由真的异样的感情。
在这个科技飞速发展的时代里，想要解读人类脑中残留的影像早已不是一件难题，一个专门利用此项技术侦破案件的组织——第九研究室应运而生。在室长薪刚（关智一 配音）的带领下，身强体壮的青木一行（浪川大辅 配音）、心理学者天地奈奈子（野中蓝 配音）等精明强干的队员们利用各自的能力破解着一桩又一桩扑朔迷离的案件。 虽然技术让破案变得更加迅速和简单，但其中涉及到的有关隐私和权利的部分一直都处在道德的灰色地带。同时，每日面对着被害者死前目击到的残酷影像，要如何在工作和生活之间划上清晰的分界线也成了组员们要面对的一大难题。
学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
