寻找101体〈Chemi〉！ 新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 101张卡片进行形态变换！？ 高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！
在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
妹控小说家‧羽岛伊月，随时有一群充满个性的人聚集在他的身旁。 爱与才能都是重量级，高阶的缺憾系美少女‧可儿那由多。 对恋爱迷惘对友情迷惘对梦想迷惘的青春三冠王‧白川京。 鬼畜税金拯救者‧大野艾希莉。 天才插画家‧屁桃。 伊月等人各自心怀迷惘与烦恼，有时一起打电动，有时结 伴旅行，有时埋首工作，每天都过着热热闹闹的日子。 总是温柔地在旁守护，如完美超人般的弟弟‧千寻其实怀有重大的秘密──
