《太乙仙魔录》为明代背景下的仙侠故事，讲述的是玄魔两道之间已经持续了数千年的纷争。因两道的决战接连两次发生在昆仑山，故又被称为昆仑之战。传说第一次和第二次昆仑之战玄门都在南极帝君和紫薇女帝的帮助下击败魔道，为中元界带来和平。我们的男女主角——小皇帝朱允炆和玄门弟子冷霜凝，正是南极帝君和紫薇女帝的转世。此番玄门内部生变，魔道众人也打算趁虚而入，第三次昆仑大战迫在眉睫。而这一次的大战的走向因为一股神秘力量的介入而显得更加阴云密布，中元界就此陷入危机。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
