森の民の少年ポポは、平和な森に異変が起きた原因を調べるため旅立った父ペレの帰りを待ちわびていた。しかし森の異変は、ポポの母ピアまで変えてしまう。父ならば、母を助ける手がかりが分かるかもしれない。ポポは父に託されたドングリ型のペンダント「守護者の証」を胸に、父を追って旅立つ。 旅の途中、ポポが持つ「守護者の証」を狙って、森の破滅を願うアダーと手下たちが、赤い目の甲虫を操りポポを襲撃するが、そのたびに何処からともなく巨大なカブトムシ「ムシキング」が現れポポを護るのだった。
女孩凯莉亚在父亲工作的油棕园救出一只小婆罗洲猩猩；同时，开发商大举侵占丛林，使原住民流离失所，凯莉亚的表弟也为避祸前来同住。在一次争执后，表弟带着小猩猩负气离开，为了找回家人，凯莉亚决定冒险进入丛林。但在深处等待她的，不只有未知的危险与挑战、被都市人淡忘的信仰与习俗，还有家族中一段从未被揭开的记忆。
聚焦真人电影男主Larry Daley的儿子Nick Daley，他不情不愿地也成为了一名博物馆管理员，而《博物馆奇妙夜2》里的卡门拉法老又回来了，想要征服世界。
马文·弗洛特可能是有史以来最伟大的侦探，但他仍然无法解开一个谜团：他的家人，他将遵循每一条线索，与他从未停止过爱的前妻一起救赎自己。
