主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量…… 三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。 为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
表面上，宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）是一个身高一米八的成熟男性，可实际上，他只是一个年仅12岁的少年。由于身高而在女生中间有着意外高的人气的他，却也因此有着不少的烦恼。敦志的姐姐宫川敦美（钉宫理惠 配音）目前在读高中二年级，可有着一米三七超娇小个头的她，常常被误认为是敦志的妹妹。 上天开了小小的玩笑，而这倒置的两人却在困扰和麻烦中努力的生活着。喜欢着敦志的沙夜（平野绫 配音），十分在意敦志的班主任盛山二见（田宫智惠 配音），一直陪伴着敦志的好友小绿（柏山奈奈美 配音）和小纯（东城咲耶子 配音），每一个善良而单纯的人们都在用自己特殊的方式默默的帮助着姐弟两。
生长在瓦尔哈那行星的美丽公主瓦尔古雷，为了逃避所谓的政治婚姻，从行星出逃了…… 当她即将在地球降落时，UFO飞船因为失控，冲向了「时乃汤」，压倒了和人……
