故事发生在以武为尊的九霄大陆，讲述了现代学生林枫，因为一场车祸，穿越到武魂未觉醒的“废物”林家大少爷身上。从此以双武魂之力，一路突破修为，披荆斩棘，收获知己红颜。得惊世传承修武道、踏九霄、破天地、傲苍穹、主宰武道的故事。
小顾和母亲给去世的父亲扫墓,小顾突然掉进了虫洞之中,回到了十年前。这个虫洞是未来的科学家实验失败所致,但新虫洞出现的时间并不确定。 这时小顾发现穿越回来的时间正是父亲病重(白血病)之时,也正是这段时间, 父亲对小顾态度很差,让小顾在以后的生活中都觉得父亲并不爱自己。 小顾以家教的身份隐居在小学同学罗童童家。小顾看到了小时候的自己。小顾在父亲昏迷前与父亲见了一面,并坦白了一切,。 在父亲去世那一天,他们三个来到医院,站在病房外,听着病房里的哭声,小顾借机告诉小时候的自己父亲其实很爱他小小顾伤心地哭了起来。 突然,脑内的声音又响起,科学家告诉小顾半小时后他们制造的新虫洞会出现在某处。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
