十万年前，天岚宗叱咤修真界，宗内弟子皆是天骄，所向披靡。唯独开山弟子徐阳一直是炼气期，为突破修为早日飞升，徐阳闭关万年。谁知出关时，修真界已经没落，天岚宗也只剩三五弟子，眼见就要灭宗，徐阳击退强敌，誓要带领天岚宗重回巅峰！ 随着天岚宗势力扩大，徐阳修为停滞的真相也一步步的揭开，万年间，一个贯穿人、魔、仙三界的隐秘也展现在众人面前！究竟是一念成神，还是一念成魔？世界的生死就在徐阳的股掌之间！
在渺远神秘的银河系中，有一个由各种智慧生命体组成的最高组织，名为“宇宙联邦议会”。这个议会的中心位于银河系边缘的五行星。五行星的居民不仅在外貌上与众不同，他们的文明程度和科技能力也令其他星球的生物难以企及。五行星的居民凭借对宇宙基本法则的深刻理解，灵活运用“五行”原理，使他们在宇宙中显得极为强大，可以说是超级宇宙人。通过这种高度发达的科技与哲理，他们掌握着宇宙的许多秘密。 作为宇宙联邦议会中具有悠久历史和巨大影响力的星球，在最近的一次议会上，五行星获得了宇宙联邦议会下属的“恒星发展指导审议会”的重大批准。他们通过了一项重要的议案——《加速开发被其他生物支配的星球》。这个决定标志着五行星的居民将开始积极介入其他星球的事务，以达到他们的目的。而他们的下一个目标直指地球。五行星居民计划利用他们的先进科技和智慧，以某种方式逐渐操纵人类的思想与行为，试图引导地球向五行星的文明模式发展。这个过程充满了复杂的未知因素，也将为地球的未来带来深远的影响。人类在这一过程中将面临前所未有的挑战与机遇，整个宇宙的格局也因此可能发生巨大的转变。
在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。 主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。 然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。 相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。 过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。 于是重新下定决心的卡夫卡，却突然受到神秘生物的侵蚀，身体开始怪兽化，被称为“怪兽8号”。
克莱恩（愚者）在灰雾之上召开塔罗会时，聆听到了新的祈求。他将祈求者戴里克从神弃之地白银城拉上灰雾，通过戴里克的讲述了解到了这个神秘城邦白银城的故事。戴里克希望愚者可以帮助自己，拯救白银城，愚者予以了正向回应，并让戴里克从22张塔罗牌中选择自己的那张，戴里克选择了“太阳”作为自己的代号。之后，“倒吊人”阿尔杰提出了自己的交易需求，需要“正义”奥黛丽运用自己的人脉尽可能的在鲁恩国首都贝克兰德收集海盗七将军之一——齐林格斯的信息。并希望能获得愚者的帮助杀了齐林格斯。为此奥黛丽结识了佛尔思、休这二位非凡者，帮助寻找齐林格斯。最终，克莱恩找到自己的老师阿兹克，并借他的力量帮助塔罗会的各位完成了此事。
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这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
