恐怖魔王暗月神吸收两大圣物之后逐渐恢复当年的功力，他派出四大使者在武林兴风作浪，各门派要么被毁，要么倒戈拜入暗月组织门下。暗月神更命人秘密开采天外陨石，以便制造铠甲，组建一支强大的铠甲冬瓜军团。 在江湖中销声匿迹百年之久的泰山北斗长白山智者命座下弟子千雪莲找到阿逗一行人，告知他们必须集合阿逗，小晴，地瓜小黑以及千雪莲四人，练成一种奇特的阵法才能打败暗月神。
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
