不幸的少年，高中生绫崎飒，为浪费无度的父母而被迫辛苦打工，怎知道借了1亿5000万日元高利贷的父母却逃之夭夭，用绫崎飒本人抵债。 为了偿还高额巨债与逃避高利贷的追杀，绫崎飒选择诱拐一名少女。但阴差阳错，他却成了将这名少女从绑匪手中拯救出来的英雄。 深受感动的少女表明身份，原来她是大富翁家的大小姐三千院凪。凪不仅帮绫崎飒偿还了1亿5000万日元的债务，更雇佣他到三千院家做管家。就这样，御宅族大小姐三千院凪与绫崎飒的羁绊生活开始了。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
在新的第一季中，故事将围绕着超级宠物展开。每个超级飞侠都有他专属的超级宠物！每时每刻，他们都在一起执行任务，共对困难。除此之外，本季还有两位新的超级飞侠加入，他们就是超级汽车雷克，还有乐观爱唱跳的佩佩。还有一个前所未有的淘气鬼——金小子！ 他将给超级飞侠带来极大挑战，因为他老是想证明自己是比超级飞侠更棒的飞机。他们的加入，将为故事带来更多新奇、有趣的元素，让我们一起来看吧！
章总章总，有个大人物要见你。正在埋头看文件的章雨抬头瞥了他一眼又低头，才悠悠地问，哪个大人物要见我？顾东阳。哦，我还以为什么了不得的大人物呢。顾东阳，不认识。章雨漫不经心的说。我怎么说也跟你同在一个屋檐下住了无数个日夜，你居然说不认识我，是不是非得我做点什么你才能想起我是谁？顾东阳英姿笔挺的走进来，全然不顾里面的人惊讶的眼神直接走到章雨身边捏着她的下巴逼她与他对视，好好看看，认不认识我？
国江田计（阿部敦 配音）是拥有着极高人气的国民级主播，他拥有英俊的外表和温柔的个性，总是以无懈可击的完美形象出现在大众面前。可实际上，国江田计拥有一颗非常腹黑的内心，他从来都瞧不上那些拜倒在自己脚下的粉丝们，认为他们都是没有脑子的愚民。 一天，身着便服邋邋遢遢的国江田计不小心撞到了正在骑自行车的男子，之后才发现原来这个人正是自己从前采访过的动画作者都筑潮（川原庆久 配音），幸运的是，都筑潮并没有认出国江田计的身份。因为受伤，都筑潮无法完成工作，协助他的任务自然落到了始作俑者国江田计的头上。
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务……
