顺治十八年，大清江山初定，人才极缺。顺治和康亲王正为此事焦虑，八岁的玄烨（康熙）在一旁出主意：“何不在前朝上千举子中选几个能人，为我大清所用呢！”
前朝副榜贡生于成龙因皇子的这句话，便做了广西罗城的知县。他典房卖地，抹泪别了老母、妻儿，带着四个乡下小子上任了。
罗城的前几任县官都被盗匪砍了头，城中百姓，无人敢搭理新县官。匪首李吉趁他还未立稳脚跟，连下毒手：火烧县衙残杀仆役，短短几天，四个仆人两死一疯，生死关头，于成龙向知府借兵，设计将李吉擒获新杀。于成龙又和仆人朝卿到瑶人侗人居住的寨子，苦苦相劝，软硬兼施，终于化解了民族矛盾，稳住了阵脚。罗城的局面大大改变。不料，他费尽心机为百姓借来的种子和耕牛，一夜之间被挂锦县的盗贼马胡子抢劫一空，桂锦县令胡神不但不还东西反而日出狂言，被逼无奈的于成龙率乡勇越界征讨，夺回自家的耕牛和种子。胡坤的黑状告到了巡抚衙门。广西巡抚金光祖突然来到罗城要见识一下胆大包大的于成龙。正赶上于成龙为朝庭收兑税银。不想瑶侗百姓一番哭诉，巡抚大人便对于成龙刮目相看。于成龙升为湖北黄州的同知。临行前他把所积银两，分给孤寡老人和义学堂，带着仆人朝卿悄悄离开了罗城。
号称鱼米之乡的黄州，日子并不好过，州县偷盗成风。为打探盗匪下落，于成龙带着朝卿装扮成生意人，夜闯鸿蒙寺。不想被铜铁头等贼人扣在大缸下，幸被民女翠儿搭救，随将盗匪一网打尽。黄州知府的贴身仆人打着知府的旗号，来于成龙这里，蛮横无礼索要鸭子，被于成龙痛打了一顿。眼看大祸临头，不料，一夜之间知府大人却被人杀死在相好家中。在神秘的寺庙里，于成龙见到了温文尔雅的杀人凶手一张大鹏，并将其擒获。
吴三桂反叛，攻入湖南。清军在武昌集结。危难之时于成龙被提升为武昌知府。当地一个劳军的姑娘被总兵李国栋的小舅子张富贵奸污，姑娘投湖自尽。于成龙将罪犯抓进大字。李国栋挟持巡抚张朝珍，逼于成龙放人。情急之下，于成龙在牢房立斩张富贵。从此，李、于之间仇怨深结。尚贝勒大将军下令让于成龙三日内造好一座军桥，眼看军桥大功告成。忽闻蒲圻县令杨彦城要弃城而逃，于成龙赶到蒲圻，当场将其正法，并用计诱敌入城，歼敌数千，稳住了战局。当他返回架桥工地时，百年不遇的洪水倾刻间将军桥冲垮。李国栋为报私仇，借机向朝廷告黑状。一道圣旨，于成龙惨遭革职，他本想回老家了此余生，巡抚张朝珍苦苦挽留。为报知遇之恩，于成龙身着布衣智闯匪巢，接连攻破十几处匪寨。于成龙不劳军队，不费国银，瓦解十万反贼的捷报震惊朝野。康熙又把于成龙升为福建按察使。
在福州街头，几十个小叫花子横冲直撞，细问才知他们的家人受海匪案诛连被关进死牢。于成龙面见康亲王，要求重审旧案，放了那些无辜百姓，遭到回绝。他一怒之下，要撞柱殉节，康亲王只好应允。于成龙让三十多个街头孤儿在衙门里吃住了几个月，用尽了积蓄。仆人朝卿没米下锅，只好当掉冬衣，被康亲王发现，朝卿无奈说出实情。康亲王收起当票，故意逼于成龙买酒请客，于成龙身无分文，窘态万分，却赢得康亲王敬重。他把当票呈到皇帝面前。不久于成龙做了直隶巡妩。
直隶官场风气败坏，保定同知钱均明目张胆养妓女，吃花酒，被微服察访的于成龙撞着，不知好歹的钱均在大堂上强词夺理，被于成龙摘去了顶戴花翎。
为严禁火耗一事，于成龙与布政使索伦争执不下，索伦拂袖而去。微服出巡的康熙在巡抚大堂，看于成龙将一桩扑朔迷离的嫁妆案审得清清爽爽，不由得击掌称赞。
直隶旱灾严重，于成龙将自己的粮米都捐了，奄奄一息的饥民仍在他面前哀哀求食，万般无奈，他含泪将张如珍送的枣红马杀了，让百姓充饥。饿晕在路上的于成龙回到府上，摘下官帽冒死罪开仓放赈。
康熙被子成龙的耿耿忠心所感动，将自己的银狐皮衣给于成龙穿上，并赏千两纹银准他回家葬母。索伦、李国栋狼狈为奸，借口有人告于成龙拉着贪占的宝物回乡，强行查抄于的行装，不料搜出于成龙在各地做官时收集的十几坛黄土。结果，康熙将索伦发配到新疆伊梨，李国栋被休官回乡。
于成龙因祸得福，升为两江总督。为保四方平安，他一到任便悬赏捉拿作恶多端的江湖飞贼鱼壳。鱼壳仗着救过皇帝的亲外甥，竟夜潜府衙盗走赏银。鱼壳被擒，皇帝的亲外甥喀礼跑到江宁文化府大堂要人，被知府陈严龙拒绝，喀礼狂杀陈严龙，于成龙怒拍惊堂木，当场斩杀了皇帝的亲外甥喀礼。不久，于成龙积劳成疾、病殁在两江总督任上。
于成龙病逝后，民罢市聚哭，家绘像祀之。二十年后，康熙视江南，人们仍念念不忘于成龙，康熙感慨而言：“实乃天下廉吏第一也”。
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