作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。动画讲述在某所中学发生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林，与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林，不顾朋友羽柴的反对，自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中，小林很快和明智展开了调查。
現在より少し、未来の話。 サポートアイテム・エクストリームギアを駆使して遊ぶ「ハイパースポーツ」は子供から大人まで様々な層に人気のホビー競技。 そんなハイパースポーツとはなんの縁もなかった高校生歌手、葉山陽和に訪れた ある事件と出会いをきっかけに、物語は動き出す。 「これは私たちが、最高の仲間と出会っていく物語」
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
与目前正在播出的TV动画版「暗杀教室 第二期」联动的「暗杀教室 第二期 课外授课篇」将于3月11日起在dTV独占配信。这次动画化的是在TV版中并没有出现的「竹林的一课」和「支配者的一课 第2节课」等。「课外授课篇」共4话，一话约5分钟 ，后追加4话，共计8话。
