向往都市生活的少年竜之峰帝人受好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京，随后，帝人进入东京池袋来良学园上学。正臣告诉他，在池袋生活有几个绝对不能招惹的人物，尤其是生性好斗的小混混平和岛静雄和经营着情报屋的折原临也这两个人。正臣还告诉他，池袋有一个奇妙的组织体系，正体不明，仅仅知道这个街头暴力组织名叫“Dollars”。然而，没想到上京的头一天，因为正臣的话而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”……
在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
