《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
芥川丈途（合田彩 配音）表面上是一个朴素老实的男孩，可是背地里，他还有另一重惊人的身份——超级天才畅销工口小说家，由于职业的关系，丈途经常会陷入糟糕的妄想之中，从而引发了许多的麻烦。一次偶然中，丈途转入了闪学园，一所集结了各路天才的超级学园。在闪学园里，丈途结识了天才单簧管演奏者鸣唐吹音（福原由莉奈 配音），吹音单纯迷糊的性格让丈途对其产生了好感。与此同时，声线超好的歌姬园声谣江（柏山奈奈美 配音）也以叛逆不羁的形象出现在了丈途的视线中。此外，学园中各式各样的天才美少女让丈途眼花缭乱，究竟该选择谁？丈途陷入了深深的矛盾之中。
