全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
法拉刚达展示了仙女们的欧菲雅自然公园，这里有来自世界各地的最稀有的神奇动物。 在这个新系列中，我们将发现动物真正的重要性，揭示出魔法本身的主要力量与动物有关，这是一种特殊生物的小型万神殿。每个神奇动物，从最小的到最大的，都有一小部分魔法，天赋，能力，价值。 在他们的冒险中，必须拯救来自卡尔萨瑞的神奇动物，卡尔萨瑞是一个邪恶的变形动物，还有她的兄弟巴菲里斯，一个有趣而笨拙的魔法师。拯救了第一个处于危险中的神奇动物，六个女孩实现了一个新的转变，让他们与六只神奇动物有特殊的联系……
故事以2020年东京奥运会之后的日本为背景，通过“极普通的家庭故事”，讲述了在日本逐渐沉没的情况下，面对终极选择的人们的现实生活。
帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的境界。为了阻止重返世间的黑暗之子玛蒙，安在伙伴们的帮助下一起向黑暗之神玛蒙发起战斗，欲夺回圣灵之冠……
