猪猪侠说他自己曾经进入时空隧道，回到了208年的奥林匹斯小岛。迷糊博士觉得事情的可信度很高，于是决定研究大钻石的神奇力量，希望可以回到208年的世界去看个究竟。迷糊博士把大钻石装在了一台时间机器上，并找来猪猪侠帮忙实验。然而在混乱当中，迷糊把时间机器的时空坐标调到了2080年，结果一不小心，把猪猪侠给传送到了未来的世界。在未来的世界里，科学技术的发展可谓一日千里，各种体育运动项目也是借助高科技的产品进行的。这时，破旧不堪的望子成龙小学由于经费不足的问题，面临停学危机，波比等...
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
打开通往异世界的大门后，天上优夜获得超强能力，脱胎换骨变成完美无缺的少年。在两个世界往返的他，「无自觉的外挂能力」愈来愈强大──!? 在异世界的洞窟里，他找到一本『贤者之书』，因此继承了传说贤者的超魔术。最强的体能再加上高强的魔术，他在异世界的进化简直没有极限... 现实世界当中，王星学园展开了校外教学！优夜活跃的表现陆续迷倒同年级的少女们，但是各方面都是顶尖水准的他不以为意，继续走自己的路！少年升级的脚步停不下来，全世界人类都将为他震惊──!!
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
