《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
缘起一起意外事故，林松县县委书记康民生主动辞去竞争副市长的资格，并领命前往安和县继任县委书记。修路、建小学校等一系列棘手事件接踵而来，康民生逐步发现安和的秘密，一个贫困县迅速脱贫，依靠的是牺牲环境而大力发展的焦化产业。为了使安和县走上一条健康的致富道路，康民生与短期发展之路产生了剧烈的冲突，为此他不仅得罪了安和县县委，而且还得罪了整个安和县的群众。但是康民生义无反顾，终于赢得了人民的支持，“断臂治污”成功。他选择留在安和县，三年时间他将安和经济成功转型绿色经济，成为“民生书记”。
警探卓岚﹝温兆伦饰﹞与向升﹝李家声饰﹞本是好友。当年升因胞姊向葵惨死与岚交恶，其后两人在一宗珠宝行场劫案中重遇，合力擒贼，友情重见曙光。未几，升以卧底身份接近黑帮头子陈邦﹝郑君炽饰﹞，以查探其犯罪活动。 岚本打算与卡拉ok老板娘夏文凤﹝谢宁饰﹞结婚，但凤因出身风尘，对婚姻缺乏信心而婉拒岚好意。岚正感意兴兰跚之际，邂逅女律师罗一妍﹝杨宝玲饰﹞，彼此相处投契，感情亦突飞猛进。此时，凤却向岚表示有意重拾旧欢，加上富家子华学谦﹝戴志卫饰﹞对妍亦倾慕已久，以致形成了一段复杂的四角感情关系。谦表面是珠宝商人，实则暗中进行尖端科技走私活动，其后升因查出谦的犯罪证据而遭毒手，在公义跟私仇的驱使下，岚誓言要将谦绳之于法。
李千云为完成家人的愿望和实现自己的梦想，踏上了追梦之旅。在青梅竹马方艺的陪同下，一起前往新的城市生活打拼。在飞行途中李千云因过度紧张而晕倒，幸好当时的空姐何霄霄救了他。靠着自己的努力李千云进入了航空培训基地，偶然的缘分让他又遇到了空姐何霄霄，在何霄霄的帮助下，李千云不断克服自己的困难，化解心结。李易凡隐藏自己富二代的身份追求方艺，欢喜冤家，亦真亦假。最终，李千云在经历了退学和停飞事件后，开始成长，最终成为一名合格的空乘，也开始尝试追求自己的幸福。爱的飞行模式才刚刚开启。
悲痛欲绝、渴望找到人生意义的艾吉·威格斯（克莱尔·丹尼斯 饰），意外与曾被控谋杀的奈尔·贾维斯（马修·瑞斯 饰）纠缠不清。但当迷恋逐渐变质，危险也悄然逼近。
颜一一和秦御几经生死，产生了深深的感情，特别是突发的疫情让他们认清了自己的内心，决心冲破一切困难相爱相守，但书中世界被严重改变，秦御又意外重伤，生命垂危。为了心上人，颜一一不得不忍痛回到了现实世界。
