长达一个多小时的特别版，imdb收录为第七集第25集，但是在美国有发行DVD，想像海绵宝宝要和Sandy结婚了？！
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讲述在浮游城“艾恩葛朗特”从第一层开始往上攻略的故事。
小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和老师爷的影响，立志做一名顶天立地，为国为名的大师爷。绍兴历年来都有公祭大禹的传统，这一年京城传来消息，皇上要亲临绍兴参加祭禹大典，届时将邀请各国使臣共同见证盛大仪式，京城特派神勇大将军张不狂提前赴绍监督各方面的准备工作。大将军因为小师爷的机智，特选中他协助自己的各项准备工作。在神勇大将军和机智勇敢的小师爷的配合下，绍兴城各方面的准备工作井然有序地进行起来。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
作为最强战力的男主莫名穿越到五百年后，获得了独特的血脉能力，同时发现前世的自己在这个时代竟被世人污蔑成了传说中的大魔王。从此，男主踏上了追寻事实真相以及再次战力登顶的旅程。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
