202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
鸣海孝之（谷山纪章 配音）、平慎二（青木城 配音）和速濑水月（石桥朋子 配音）是学生时代的好友，毕业在即，三人亦即将奔向不同的未来。某日，鸣海孝之结识了名叫凉宫遥（栗林美奈实 配音）的少女，在速濑水月的牵线搭桥下，鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实，水月一直暗暗的喜欢着孝之，在生日当天，她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之，希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而，当孝之告别水月来到约会地点时，等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后，凉宫遥从昏迷中苏醒了，可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天，殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱，并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，安纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。
