遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。 为了不面临灭绝，人们都在AI的管理下度日──。
故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续，谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此，但它和我们所住的世界还是没什么区别的。电视、移动电话、电脑这些东西也都有，汽车也是靠汽油开动的.为了营造画面真实感，片中的场景就像建筑广告，而熙来攘往的人群、电车，都与现实世界无二
艾可魔法少女由音乐，魔法，美少女三大元素构成，主要讲述了3位新海学院6年级的转学生，其实是来自神秘乐之世界的音乐魔法少女，她们在暗中对抗着邪恶的噪音魔王，悄悄的维护着世界的安宁与和平。
