东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
