本作的主人公都仓碧是一名大学一年级学生，他在自己曾偶然进入的一家名为“Rainy color”的咖啡店打工。在那里，有很酷的帅哥岩濑启一、轻率的樱木凉太、温和的“Rainy color”的老板古贺西昂，以及很自由奔放的业主天见浩司。就这样，围绕“Rainy color”展开的充满热情的喜剧正式开演。
拥有超强吐槽气质的高中生小雪芹，因自己的吐槽气质而最讨厌渴望被吐槽的人。然而，盯上他的却是外表、言行、气场、甚至其存在本身都充满槽点的最强中二高中生——花鸟兜。发誓绝对不吐槽他的芹，终究还是没有忍住。他的周围，有点奇怪的家伙们也开始渐渐聚集……时而爆笑时而可爱的男子高中生喜剧故事即将拉开序幕。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
