喜羊羊及灰太狼等一众守护者们为了提升能力，进入深山密林进行特训，他们分别找到了传说中的两所训练营，羊狼们分别进入不同的训练营，开始了各自神奇奇术和炫酷发明的训练生涯。训练过程中笑料频出，大家克服重重困难学到了本领，也建立起深厚的友谊，两大阵营联手迎击来自未知世界的反派，开启羊村守护者全新的篇章。
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
