圣历年间，武则天以其杰出的韬略和睿智把国家治理得有声有色、国泰民安。虽然朝中李、武两家争夺皇权的斗争依旧暗潮涌动，武则天临危不乱，泰然处之。可是一个突然出现的谋杀事件，却把久居皇宫的武则天引出京城遭遇了一次惊险离奇的经历，也使得早已悬印归家的狄仁杰不得不重陷你争我夺的官场斗争……
一天夜里，多年服伺武则天的贴身宫女阿香突然刺杀女皇，未遂被杀，但心有余悸的武则天却不相信阿香是真正的凶手，她连夜颁旨让大理寺迅速查清妄想谋杀她的真正元凶。谁知，查案还刚刚开始，御医徐大夫却吊死在自己的房中，阿香的尸体也不翼而飞。武则天深感事态严重，马上手书两道圣旨，急诏狄仁杰回宫解难。辞官回乡的狄仁杰正和手下乔泰、马荣忙着为多年的随从陶甘举办喜事，太原知府计中来到狄村，证明陶甘和马荣是杀死了京城派来信使的凶手。
武则天得不到狄仁杰消息十分忧虑，借口有病需要静养，把皇权暂交儿子李哲与侄子武三思，带着上官婉儿和男宠张昌宗，出京寻找狄仁杰。逃过一路追杀，武则天历尽艰辛终于来到狄村，却中计被告知：想要谋害她的人就是眼前回家闲居的狄仁杰……
深深了解狄仁杰的武则天看出这是有人设下的圈套。狄府中，女皇与狄仁杰彻夜长谈，两人都感到了案件的背后隐藏着一个阴险的人物。面对危难，狄仁杰接受武则天的任命追查凶手。第二天，在为武则天接风的酒宴上，忠厚老实的乔泰突然发疯，武则天险些在混乱中丧命。透过血雨腥风的厮杀中，狄仁杰终于发现：陶甘的新娘-东方雨竟是对手派来的杀手。面对错综复杂的连环案，狄仁杰巧设妙计引出了设计谋杀的元凶--太原知府计中。狄仁杰在审问计中时又发现新的疑点，而自傲的武则天却执意要立斩计中，即刻返回京城。狄仁杰在不能惊动官方的情况下，只好组织村民护着女皇启程回京，谁知半路武则天与婉儿被劫，狄仁杰护驾受伤。
武则天受害的消息传到京城，朝廷一片混乱。张昌宗带着圣旨回到京城，要太子让权武三思；而上官婉儿也出现在太子府里，亲口指出张昌宗假传圣旨，与武三思勾结有谋反之心。张柬之拥兵京城要替百姓维护李家天下。太平公主几进太子府逼迫软弱的哥哥让权于她。正当各路人马张弓拔弩之时，信使送来武则天圣旨，原来遇难王村的武则天已经被狄仁杰救出回到京城。饱经磨难的武则天皇威依旧，她不动声色地收回皇权并吩咐所有人马回宫听旨，因为狄仁杰已经查出这次谋杀案真正的指使者。
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