为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
故事就发生在名为哈吉布基的森林里。有一群小老鼠生活在这片森林中，在这里，像他们这样的小动物需要时刻提防体形更大的动物，比如森林里的狐狸，不然就会有被吃掉的危险。其中的一只小老鼠在家人遭遇危险之后终于决定做些什么：他要让森林里所有的动物都能接受一部法案，这样大家就能相亲相爱地生活在一起。
