因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
在这个科技飞速发展的时代里，想要解读人类脑中残留的影像早已不是一件难题，一个专门利用此项技术侦破案件的组织——第九研究室应运而生。在室长薪刚（关智一 配音）的带领下，身强体壮的青木一行（浪川大辅 配音）、心理学者天地奈奈子（野中蓝 配音）等精明强干的队员们利用各自的能力破解着一桩又一桩扑朔迷离的案件。 虽然技术让破案变得更加迅速和简单，但其中涉及到的有关隐私和权利的部分一直都处在道德的灰色地带。同时，每日面对着被害者死前目击到的残酷影像，要如何在工作和生活之间划上清晰的分界线也成了组员们要面对的一大难题。
故事讲述爱闯祸的无名小卒缪恩，有一天阴差阳错得成了重要的月亮守护者，而他任职第一天就造成大错，间接导致太阳被偷、月亮消失、世界大乱。于是，他不得不携手太阳守护者和蜡质姑娘茜尔，展开一场大冒险，揪出混乱背后的黑手，拯救世界。
21世纪顶尖的金牌特工苏轻盈，却在一次执行拆弹人物时，因为自己一个喷嚏拆错线爆炸，神奇般穿越。穿越后的她成了东岳国懦弱痴傻的五公主，而且因被人设计中毒而面有青斑。之后女主自行解毒，渐渐恢复容貌。本是西冥国瑞王轩辕澈的未婚妻的她，却惨遭抛弃暗算中了媚毒，被扔在城郊破庙，差点被傻子轻薄。女主决心再好好活一次，为原主报仇雪恨。
