暗河，江湖最神秘的杀手组织，由苏、谢、慕三姓家族组成，三家最高统率称大家长。大家长身中奇毒，生命危在旦夕。暗河三家势力得知消息后，趁机发起叛乱。苏暮雨作为大家长护卫团蛛影的首领傀，一边找来药王谷神医白鹤淮为大家长医治，一边击退各家杀手护大家长周全。此时，他在暗河的好友苏昌河，却代表苏家加入了刺杀大家长的行动。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
故事将与游戏内Shuffle活动展开联动，包含「桃源乡偶像拳」、「真夜中のBUTLERS」与「La Mort」。 由于Esemble Square推出过多部偶像电影，偶像们动身前往纽约，准备参加偶像电影祭典「IDOL FILM FESTIVAL」的颁奖典礼，然而怪异的影子却悄悄向他们逼近。
