民国初年，大富商刘家老管家千帆的养女千一羽本来和刘家二少爷刘思楠青梅竹马，许下婚约，却在婚宴当晚被许配给了刘思楠的疯癫哥哥刘思霖。嫁给竹马哥哥的千一羽对枕边人刘思霖怀恨在心，然而她还要装作若无其事，因为她有任务在身，就是帮助刘思楠监视他的哥哥。原来大少爷失势正是二少爷从中作梗，他想独吞整个家产！没想到刘思霖面对千一羽的种种刁难和任性总是贴心包容，千一羽在监视大少爷刘思霖的过程中逐渐被他的善良打动，两人逐渐暗生情愫，但是二人的感情一直被人挑拨，甚至牵扯出了千一羽亲生父母的遇害的幕后真凶。
2002年9月，滨城市市委大院被盗，公安局长王国忠限期破案。陈小米意外发现张一锋是重要犯罪嫌疑人。半夜，值班长、刑警支队长方川岳因女儿急病赶往医院。陈小米过度疲劳致使张一锋逃跑，方川岳被检察院以射线玩忽职守刑事拘留。 公安部通报一起跨国犯罪案。命令沿海有关省市秘密侦查。方川岳在看守所搜集到张一锋逃到南北湖的情报。在公安局长王国忠、旅游集团董事长钟晓虹、市委书记女儿高晓萌的努力下，方川岳被释放，将功补过足球侦查有组织跨国犯罪案。陈小米踏上追捕张一锋的征途。 在押解张一锋途中，船被暴风雨打翻，当地民警老周牺牲，陈小米、张一锋被冲到荒岛。陈小米救了被蛇咬伤的张一锋。张一锋向陈小米交代市委大院盗窃案，同时交代曾偷了旅游集团200万。 赵强民策划了一次自驾车海滨风光游，深爱着方川岳的钟晓虹邀请方川岳随行。方川岳经过细致的观察和分析，确信这次远游没有情况。钟晓虹要求方川岳离开公安机关，与她一经商。 一张黑网已经撒开——赵强民安排导游杨眉获得了方川岳的帐号。赵强民不但偷梁换柱，把一辆走私车夹带在车队中带回滨城市，而且派万帆往方川岳的帐号上存入现金十万元。一封封举报信寄给海关走私犯罪侦查局滨城分局、检察院、纪委等单位。并引起他们重视。 为了获得证据、掌握情报，滨城市公安局派张一锋到赵强民身边去搜集情报。此时，陈小米主动请缨，孤身深入虎穴，通过张一锋的引荐也来到了深感人手不够的赵强民身边。 海关走私犯罪侦查局以涉嫌走私将方川岳再次送进看守所，面临着灵魂的一次冶铸。陈小米赢得了赵强民的初步信任，并且搜集到万帆的地址。赵强民通过关系将梁旭取保候审。梁旭认出了陈小米。 万帆落网，证明了方川岳的清白。方川岳走出看守所时，政治部主任刘其光递上方川岳的配枪，方川岳流泪了。 赵强民决定干掉陈小米和张一锋。陈小米在打死四个歹徒后光荣牺牲，有关犯罪集团的情报被他藏在住所的秘密地点。陈小米死得极为悲壮。 政治部主任刘其光曾因儿子上学的事，得到过赵强民的“帮助”。他回想起自己曾无疑中透露过陈小米卧底的消息，准备到检察院把问题讲清楚，突发一起爆炸案，为了保护群众的安全，刘其光身负重伤。刘其光伤愈出院后，向王国忠递交了辞职报告。 方川岳率队对赵强民展开追捕，狡猾的赵强民潜回旅游集团，挟持钟晓虹为人质。僵持之际，方川岳“跳弹”击伤赵强民，方川岳忙着抢救钟晓虹，赵强民挣扎着向方川岳涉及，高晓萌扑上去挡住了子弹…… 钟晓虹难逃法律和道义的审判，方川岳奉命拘捕钟晓虹，方川岳、钟晓虹、高晓萌感情复杂地对视着…… 方川岳深情地注视着陈小米、老周等公安英烈的遗像……
冬至银行会计陈一平（陈道明 饰）与刑警蒋寒（丁勇岱 饰）可谓风马牛不相及的两个职业，因为一起库款盗窃案将二人的命运联系在了一起。警方介入后，陈一平积极协助调査，不久薛非（李成儒 饰）进入警方视线，眼看案件有点眉目，薛非却突然自杀身亡。而发现薛非秘密的陈一平如芒刺背，他决意辞职另谋饭碗。不料事与愿违，在递交辞职报告第二天，他收到一张神秘的软盘，里面的内容让陈一平感觉坐在了一颗随时爆炸的定时炸弾上。蒋寒对薛非的死因调査取得重大进展，他感觉薛非死亡背后定有惊天阴谋，事实证明了他判断的正确。陈一平已踏上一条不归路，在冬至那天深夜，惊魂未定的他在日记本中只写了2002年12月20日……
叶满枝（伍咏薇 饰）是一名室内设计师，她将大部分的时间和精力都投入到了工作之中，是名副其实的女强人。叶满枝因为工作的繁忙而和家人之间的关系十分冷漠疏离，和父亲的感情尤其岌岌可危。一次偶然中，叶满枝在工作中结识了名为蔡嘉升（陈锦鸿 饰）的男子，两人因为设计理念的不同而产生了许多的误会。 之后，叶满枝因为身体原因而返回了曾经生活过的小镇休养，哪知道在那里和蔡嘉升重逢了。在蔡嘉升的帮助之下，叶满枝修复了和父亲之间破裂的亲情，在此过程中，蔡嘉升也深深的爱上了外冷内热的叶满枝。然而，还没等到蔡嘉升向叶满枝表露心迹，叶满枝就已经回到了硝烟四起的职场之中。
《美丽的秘密》将以多线叙事线索，刻画一段为爱追梦、为爱救赎、为爱坚守的精彩故事：剧中“丑小鸭”逆转为“明日之星”可谓励志热血，“养育之恩”与“血脉亲情”之间的混乱纠葛看点十足，以及在非亲姐妹、情场劲敌与事业对手”中上演爱情抉择，都堪称《美丽的秘密》必然火爆荧屏的“致胜法宝”。《美丽的秘密》坚持偶像剧的品质创作，同时也力求突破传统风格，力求在故事内容、节奏把握中，传递出更加时尚、更加都市的生活化气息，饱有浪漫爱情的氛围，更带给观众真实的亲近感，为观众带来全面升级、与时俱进的都市偶像剧
在第一季成功揭露 DNA 的非法实验后，医学生米亚试图尽快厘清生活中的各种骤变， 因为她意识到自己失去了过去 3 个月的短期记忆。 在试图了解发生了什么的过程中，失忆加上浮现在脑海的可怕画面，让她惴惴不安。她发现自己处于一个更大的阴谋中，这将把她推向边缘。
花枝俏（张凯丽 饰）的个性相当强势，在家中稳坐大当家的位置，家里大大小小的事情向来都是她说了算。然而这样武断的性格却让一直陪伴着她的丈夫金志扬（韩童生 饰）和闺蜜孙文娟（李菁菁 饰）苦不堪言，终于，两人忍无可忍，选择了离花枝俏而去。 花枝俏无法接受自己的失败，疯狂的寻找着家庭和人生的意义，儿子金波（叶祖新 饰）和女儿金娜（刘涛 饰）成为了她下一个想要掌控的目标。金娜有过一段失败的婚姻，为了女儿再度获得幸福，花枝俏介绍了一个富二代给她认识，可是金娜真正喜欢的，却是一无所有但胸怀大志的青年吴所谓（黄觉 饰）。那边厢，金波邂逅了名为朱丽娅（潘辰 饰）的九十后少女，两人竟然踏入了闪婚的行列。
