作品描述身为班长（委员长）、并且拥有完美主义的主角「北神未海」，虽然暗恋着问题三人组之一的「东条潮」，却因为不断有人搅乱导致她至今无法告白。未海因为自己的事情搞的手忙脚乱，另一方面还要帮助其他人解决烦恼、并给他们完美的建议，《極上!!めちゃモテ委員長》就是描绘这些发生在主角周围大小事的高中校园作品。
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
