侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。
「抜けさせてもらう！」―― 赤魔道士のユークはそう啖呵を切って、5年間在籍したAランクのパーティ「サンダーパイク」を離脱した。彼は、他のメンバーから過小評価、否、バカにされていたことに耐えきれず、ついにその地位を捨てたのだ。 パーティを探していたユークはマリナ、シルク、レインという元教え子3人と再会し、彼女たちのパーティに加入した。「先生」と慕ってくれる彼女たちに励まされ、ユークはその規格外の魔法力とスキルを存分に発揮し、マリナたちの能力を見事に引き出すことで次々にクエストを達成。そして、配信用魔法道具（アーティファクト）「キャメラット君」による“冒険配信”を通じて、パーティ「クローバー」は世間に名を馳せていく。 そんな「クローバー」の夢は最難関迷宮【無色の闇】の踏破。それを叶えるため、様々な迷宮（ダンジョン）に挑戦するが、徐々に世界を揺るがす混沌へと巻き込まれていく――
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
公元1333年，为武士统治日本奠定基石的镰仓幕府，因其所信任的幕臣——足利尊氏的谋反而宣告灭亡。 失去了一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人——北条时行，在自称为神的神官——诹访赖重的手中引导下，逃离了化为一片火海的镰仓……。 在逃亡抵达的诹访之地，时行与值得信赖的伙伴结成了「逃少党」，并借由「逃跑」与「活下去」来克服重重苦难，逐渐磨练出作为率领大军之将领的实力。 另一方面，在京都的尊氏其权力正稳步扩张，而在镰仓，以尊氏之弟——直义为首的新统治也正大受欢迎。 在时代更迭的巨大浪潮中，时行夺回天下的这场捉迷藏，其结局将会走向何方——。
