虹原茵可（田村由香里 配音）是一名高中三年级的女生，虽然已经十七岁的，但身高只有一米五的她看起来像个小学生一样。身高问题是茵可的死穴，每每被戳到死穴，她都会暴跳如雷。茵可暗恋着名为小直（上田佑司 配音）的男生，小直是茵可青梅竹马的玩伴，两人自幼便相识，为了能够待在小直的身边，茵可决定帮助小直补习他十分不擅长的英文，但前提是，茵可会变身为拥有超能力的魔法少女。 亭亭玉立温文尔雅的大小姐黑威澄（户松遥 配音）也同样喜欢着小直，她也拥有变身成为魔法少女的能力，猫君（桧山修之 配音）是她的魔法使。
这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。
充满神秘气息的古代土地“上津未原”，那是发生在比这个国家的历史还要早的从前的事……不现实的原定、痛彻心肺的感情，在这片不吉利却又美丽的土地上深深的扎根……以统治着上津未原的“桃歌台学园”和上津未原的豪门家族“守东家”的人们为中心展开了一段幻想奇妙的恋爱绘卷。
“PINE RECORDS”（通称：PIRECO）所属的千岁春、熊谷绘里、龙王更纱、迎桐、迎羽织、箕作沙沙芽、西尾未来、雪野日阳、具志坚修普、金时琴子、诸冈露露11人，是名为“音乐少女”的偶像组合的成员。 但“音乐少女”却是完全火不起来的C级偶像。 不鸣不飞&赤字累累的“音乐少女”，制作人池桥和成员们却仍然在拼命努力着。 池桥认为“音乐少女”需要新的成员。像是抓住成功的引爆剂那样的偶像！于是，他为了选拔而日夜操劳。 这样的某一天，“音乐少女”与主人公·花子相遇了……
为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……
