吴大师训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金武器，以维护世界和平。魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并统治世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途，一路战斗，但最终魔王加满都利用4件黄金武器离开了幻影忍者王国。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
#宇崎学妹想要玩#第二季制作决定！
千鹤的祖母小百合的身体状况恶化了，想把自己出演的电影给祖母看的千鹤陷入了两难事态。“一起拍电影吧!!”和也决心用众筹的方式来制作千鹤主演的电影，于是便开始了电影的制作。搬到和也隔壁的八重森弥妮也被卷入到他的生活当中,和也从一次“女友租借”开始的生活，变得更加闪耀! 和也与千鹤的电影制作，到底会迎来怎样的结局呢一一!?
《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》
