瀛洲界内，诸子百家，唐诗宋词，皆有书灵。在《唐诗三百首》中醒来的书灵顾七绝，骑着《山海经》的神兽驳， 与为了养活自己和一群妹子而努力奋斗的乐五音一起踏上了一条寻找唤醒其他书灵的道路。
学业优秀的高中二年级学生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成员，童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”，但在一次事故中，少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。这起事件给了良太沉重的打击与创伤，因此他才希望代替黑猫仰望星空，找到传说中的外星人。这一天，美丽女孩黑羽宁子（种田梨沙 配音）转到良太的班级，他惊讶地发现，黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩，她不会九九乘法，却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太，并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太，宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太，还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。
在遥远的宇宙中，一颗叫做布兰星的星球，居住着金木水火土五大蚂蚁神族，心怀和平梦想，蚂蚁皇后派出五大神族的精英：金童童、木吞吞、水灵灵、火聪聪、土豆豆，带着拥有五常文化的定界天碑，欲将仁、义、礼、智、信传扬宇宙，却在星际穿梭途中遭遇黑蚂蚁兄弟雷震震和风小小破坏，导致组成定界天碑的五常灵珠散落地球世界各地。为了找回灵珠，小蚂蚁开始了追寻梦想的环球冒险，在世界各地展开了一场又一场奇幻萌趣的争夺。
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
