在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
这是一个中二少年与另类妖怪相爱相杀的热血故事。 少年，就是不断的去战斗，然后胜利。 不管你是八臂妖和尚，还是粉红骷髅美娇娘。 是恶蛟三眼，还是万年阴坟婆。 老子要么剑死你，要么贱死你！ 斩妖除魔，贱行天下。 此乃……我辈本色。
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
坂井知季（梶裕贵 配音）是一名初中二年级的学生，因为在童年时代偶然看到了富士谷要一（樱井孝宏 配音）精彩绝伦的跳水姿势而对这项运动产生了兴趣。进入中学后，知季加入了学校的跳水队，和他一起挥洒汗水的，有沉默寡言不善言辞的冲津飞沫（中村悠一 配音）、好胜心极强性格非常坦率的大广陵（逢坂良太 配音）和头脑冷静略微有些神经质的丸山礼次（内山昂辉 配音）。 一天，队里来了一位名叫麻木夏阳子（名冢佳织 配音）的新教练，她告诉队员么，如果跳水队无法得到参加奥运会的资格的话，就将面临解散的命运。
这是一个设定在乡村场景下，却属于我们所有人的童年故事。剧情贴近真实的社会背景，既有现实生活中普通人的希望和追求，也有他们的焦虑和苦恼。在快速发展的工业化、城市化进程中，中国的城市和农村发生了翻天覆地的变化，也随之出现了很多新的社会问题。故事中许多社会现实背景，包括城市教育问题带来的普遍焦虑、自然缺失、乡村教育现状、留守儿童、移动互联网发展、新农村建设等等，都构成了作品中小主人公们的活动场景。剧情内容围绕中国孩子的童年故事，引发孩子和大人的情感共鸣。人们的日子过得越来越红火，可是乡村不再平静，不管大人还是孩子，每个人都需要重新适应环境，不断成长。
