在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
芥川丈途（合田彩 配音）表面上是一个朴素老实的男孩，可是背地里，他还有另一重惊人的身份——超级天才畅销工口小说家，由于职业的关系，丈途经常会陷入糟糕的妄想之中，从而引发了许多的麻烦。一次偶然中，丈途转入了闪学园，一所集结了各路天才的超级学园。在闪学园里，丈途结识了天才单簧管演奏者鸣唐吹音（福原由莉奈 配音），吹音单纯迷糊的性格让丈途对其产生了好感。与此同时，声线超好的歌姬园声谣江（柏山奈奈美 配音）也以叛逆不羁的形象出现在了丈途的视线中。此外，学园中各式各样的天才美少女让丈途眼花缭乱，究竟该选择谁？丈途陷入了深深的矛盾之中。
