小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
家里开蛋糕店的凛太郎，因为高大的体型与凶狠的外表，从他小时候周围的人都对他抱有严重的偏见。某天，帮忙顾店的凛太郎与现场唯一的客人•薰子相遇了。娇小的她面前却有许多盘吃完的蛋糕，薰子一看见他就立刻逃离店里，凛太郎以为是因为自己的外表又吓到别人，不禁感到失落又自责。隔天放学后，他在自己的学校校门口看见薰子在等人……？相邻彼此、校风迥异的两间高中•千鸟与桔梗，分别就读于这两间学校的凛太郎与薰子，交织出酸甜又多彩的青春物语。
现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。
