Life goes on after the tragic deaths of Hank and Dean. Meanwhile, the Monarch deals with life "inside" but you can't keep a good criminal mastermind down. But will King Gorilla prove to be his greatest ally, or his worst betrayer?
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
个性开朗心底单纯的喜屋武七叶（与那岭里都 配音）、沉着冷静不失温柔但生气起来会非常恐怖的喜屋武七绪（松田瑠华 配音）和拥有着极强灵感应能力的喜屋武心七是感情十分要好的三姐妹，三人同奶奶一起过着相依为命的生活。 一次偶然中，七夜发现了一个神奇的瓶子，并且在误打误撞之中将瓶子打开，外表稚嫩可爱嘴巴却超级毒舌的妮娜（松嵜丽 配音）、大大咧咧傻乎乎却惹人怜爱的拉娜（井之上奈奈 配音）和沉默寡言面无表情的卡娜（东城日沙子 配音）三个被封印已久的精灵出现了。就这样，喜屋武家多了三名家庭成员，平静的日常生活也离三姐妹越来越远。
