在新的波折的预感面前，幕间的故事——佯围绕着“圣歼”和瓦特拉的战斗中取得胜利的古城和雪菜。 虽然已经把弦神岛作为自己的“夜之帝国”而成为实质性的岛屿支配者的古城，却过着与以前一成不变的日常生活。 但就在此时，弦神岛周边海域发生的原因不明的海难事故，由狮子王机关和太史局进 行联合调查。 另一方面，古城被呼叫自己的声音唤醒。映入记忆模糊的他视线中的景象，是脸颊通红地蜷缩在自己睡的那张毛毯中，流着泪哭诉着的雪菜的容貌。 “前辈……我重要的东西不见了……”
“重骑士”——那是一个以防御为主，吸引敌人攻击以保护队友的职业。然而，与其他防御职业相比，其性能缺乏灵活性，攻击性能过低，导致连等级都难以正常提升。因此，它被称为超越了“不幸”的“缺陷”职业。 出生于代代相传“剑圣”血脉的埃德温伯爵家的埃尔玛，在作为继承人的重要仪式“加护仪式”中，觉醒了被称为“缺陷”职业的“重骑士”，不仅失去了下一任家主的地位，还被不公正地放逐了。然而，在那时他恢复了前世的记忆，并意识到这个世界与他生前沉迷的 VR 在线游戏《Magic World》完全相同。然后，埃尔玛知道了。“重骑士”才是最强的职业……被伯爵家放逐后成为独行冒险者的埃尔玛，充分利用生前的知识，开始高效地攻略这个世界。
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
