450年前，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。 450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神战士，负责保护地球这一神圣使命。 一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。 一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物， 让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！
故事发生在白玉中学之中，懒懒散散的三岛木洋（松本忍 配音）是软网社的顾问，虽然表面看来其貌不扬，但实际上，他曾经是获得过全国冠军的天才击球手。伊丽莎白（矢作纱友里 配音）是来自英国的留学生，曾因为三岛的影响而选择走上了网球的道路，如今，她作为留学生追随三岛来到了白玉中学。 活泼开朗的春风明日菜（伊藤加奈惠 配音）、对运动有着满腔热血的泽夏琴音（喜多村英梨 配音）、柔情似水温文尔雅的秋山千岁（伊藤静 配音）、拥有健康肤色沉默寡言的冬川来栖（明坂聪美 配音），在这些可爱社员的围绕下，三岛的日常就此拉开了序幕。
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
