明朝万历天启年间，倭寇作乱，宦官专权，百姓涂炭。江湖上出现一位“女神捕十三娘”，她率领一彪人马抓巨盗，惩大奸，侦疑案，平冤狱，破获了一起起扑朔迷离的惊天大案，演绎了一曲曲可歌可泣的人间传奇。 她，十三娘，名捕之女，花容月貌兼忠肝义胆，精擅追摄跟踪之术，一条长鞭矫如龙翔；他，王大友，名冠天下的绝世盗王，疏懒无赖却古道热肠，轻功盖世，易容术改天换地；她，宋君瑜，名医之后，美艳娇弱兰心蕙质，家学渊博，医术高超；他，狄无邪，督察院第一神捕，心热如火却眼冷如冰，一柄扇剑独步天下，常常在危急关头独臂擎天…… 日本流入价值连城的玉佛掌引出一段惊世谋杀大案。杀手封百川奉海盗之命，欲在朝延祭天盛典时刺杀名将李元帅。十三娘协同狄无邪、王大友和神医之女宋君瑜如何制止这场谋杀，挽狂澜于即倒呢…… 穷秀才冒充知县达数年之久，只因为这是一个天高皇帝远的小县。奇案突发，耳背之人听到死者的尖叫，夜盲之人看到有人越墙逃走，一个跛子逃脱捕快追捕。十三娘等为查真相深陷囹圄，救助他们的居然是…… 朝延忠邪纷争。兵部尚书欲勾结倭寇残害忠良，阴谋诡计天衣无缝。兵部尚书萧大亨、司礼监王公公、左督御史温纯、兵部左侍郎朱纫究竟谁忠谁奸，狄无邪不惜欺骗十三娘、毅然背负骂名，上演一出卧底好戏。 一段久远的杀父之仇，一条漫长的复仇之路，一起连环杀戮的奇案，一个弱女子对黑暗的反击。当十三娘层层剖析，查明事实真相之时，弱女子叶子卿却在轰然巨响中与仇人们同归于尽。
