斗罗联邦科考队在极北之地发现了一枚蛋，蛋里孵化出了一个小男孩。科学家夫妇收养了这个身世不明的男孩，为他取名“轩宇”。几年过去，蓝轩宇和养父母一起过着平静的生活。然而武魂蓝银草觉醒后，他身上却出现了越来越多的谜团。
强化赋予魔术师雷恩，某天突然被公会流放。 但他非但没有绝望，反而觉得“现在我什么都能做了！”，于是收回了之前赋予在公会成员装备上的大量强化点数，作为冒险者踏上了新的人生道路。 聚集在他身边的，有同伴被杀尽而封闭内心的天才冒险者、被夺走家人的战士、被作为杀人机器培养长大的暗杀者——全都是些背负着无法轻易抹去创伤的人。 即便如此，雷恩也毫不否定她们的过去和伤痛，坦率而开朗地接纳了她们。 故事的舞台，是一个连乌兹冲锋枪、弹珠机甚至黑道都存在的另类奇幻世界。 然而在这个世界里，越是依赖便利的科学技术，魔力就会越低，冒险者也会变得越弱。 拥有智慧的凶恶怪物横行霸道，在地下社会，法外狂徒们赤裸裸地展现出欲望与野心，各种阴谋与策略交织。 在这个理想与正义被轻易践踏的世界中，冒险者们仅以自己的魔力和信念为武器奋战到底。 这是一个失去归宿的人们，自己去抓住生存方式的故事。 雷恩和同伴们破天荒且随心所欲的第二人生，现在开始了——！！
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第二季承接第一季结尾剧情，男主角楚明在于琳琳婚礼上战胜江州最大的对手王家之后，在三个师姐和其他其他几大家族的帮助下终于达成了自己开宗立派的目标，实现了为七圣宗开枝散叶的第一步。为了给双目失明的五师姐兰馨儿祛除诅咒，楚明决定和众人一起找寻修行炼器一途的四师姐，取得宝鼎炼制解药。然而在目的地渝州，一个沉寂已久的邪修势力——巫死门正等待着他们，而巫死门正是害兰馨儿眼盲的罪魁祸首，目的是消灭所有七圣宗的传人，以报百年前的仇怨。
这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。.
主角惨遭陷害，被关进精神病院受尽屈辱，意外激活神魔典狱长系统。他的身体是一座特殊囚狱，体内囚禁着万神万魔的残魂。域外神魔大军即将入侵蓝星，意图释放囚徒毁灭世界。他一边镇压体内躁动的神魔，夺取强大神力，一边清算现实仇敌，对抗域外强敌。从人人讥笑的疯子，蜕变为执掌万神万魔的无上典狱长。
个性开朗心底单纯的喜屋武七叶（与那岭里都 配音）、沉着冷静不失温柔但生气起来会非常恐怖的喜屋武七绪（松田瑠华 配音）和拥有着极强灵感应能力的喜屋武心七是感情十分要好的三姐妹，三人同奶奶一起过着相依为命的生活。 一次偶然中，七夜发现了一个神奇的瓶子，并且在误打误撞之中将瓶子打开，外表稚嫩可爱嘴巴却超级毒舌的妮娜（松嵜丽 配音）、大大咧咧傻乎乎却惹人怜爱的拉娜（井之上奈奈 配音）和沉默寡言面无表情的卡娜（东城日沙子 配音）三个被封印已久的精灵出现了。就这样，喜屋武家多了三名家庭成员，平静的日常生活也离三姐妹越来越远。
