将军在下

　　故事紧接上一季结尾：夏威夷州长遭谋杀后，Steve McGarrett成了头号嫌疑人，被临时羁押在监狱里等候出庭受审。Danny突然带着能够洗清他罪名的证据前来探监。与此同时，Kono遭到停职检查的处分，内务调查部派人对她展开全面调查。Terry O'Quinn在本集中扮演McGarrett在海豹突击队受训时的指挥官Joe White；Richard T. Jones扮演新任夏威夷州长Sam Denning；William Sadler再次扮演McGarrett的父亲John McGarrett。

　　明朝天启末年，朝廷暗藏着一场宫变，天启皇帝病危待亡，却无子嗣继位，唯一的骨肉便是皇弟朱由检。大内总管魏忠贤阴谋用宫女的婴儿冒充太子承继大统，以保住阉党的荣华富贵。不料，那宫女却生下一个女婴。这时，已被驱逐出京的朱由检被锦衣卫捕回宫中，以为自己将被殉葬，万没料到竟继位成为崇祯皇帝。而宫女带着女婴逃至扬州，起名陈圆圆。
　　陈圆圆一日当中被卖了三次，落入妓院学艺。长成后，成了名满天下的歌妓。
　　崇祯即位后，立志中兴大明。然而朝廷始终内忧与外患。内忧是由于天灾全国饥民过半，中原一带以高迎祥、李自成为首的农民军蜂起；外患是关外的后金叛军压境，皇太极登基开国虎视关内。崇祯始终处于巨大的危机中，苦心竭虑地试图挽救大明。
　　陈圆圆被大太监王承恩选入宫中侍驾，她屡屡抗拒崇祯“圣宠”，却爱上了吴三桂。
　　中原农民军被朝廷官军围困在车厢峡，即将全军覆没。正当崇祯调兵将想一举全歼时，皇太极挥师南侵，兵临京城。万急时，崇祯坚持拒和迎战，率军民击退了皇太极，但中原义军又逃出生天，再度恢复生机。
　　崇祯把坚持“谋和”的蓟辽总督袁崇焕凌迟处死，让吴三桂升任宁远主将，为笼络其心，将陈圆圆赏赐给他，让他们奉旨成婚，婚后三天，吴三桂北赴边关，陈圆圆重返宫廷沦为人质。
　　高迎祥、李自成攻克凤阳，张献忠掘皇陵，大胜之时农民军内部发生了分歧……崇祯得知凤阳皇陵被毁，痛彻心肺，不食荤腥，孝衣理政。他迅即用全国力量来剿杀农民军，闯王高迎祥被捕，押送京城处死，张献忠也投降了官军，李自成继承了闯王之位。
　　后金日渐强胜，已完成了入关南侵的所有准备，就在出兵前夕，皇太极却发脑中风而亡，后金宫廷也随之陷入了夺位之争。勤政殿上亲王多尔衮与皇长子豪格领着各自的旗主横刀相向，万急时刻，庄妃在降臣洪承畴的指点下趁势将小皇子福临推上了皇位，是为顺治帝，而多尔衮成为摄政王，后金复归稳定。而庄妃为了福临的安危与后金未来，也屈身侍奉多尔衮。
　　李自成为闯王后率农民军席卷全国，迅速逼近京城……
　　崇祯拒绝迁都，决心守城应战到底，但这时人心尽丧，兵无斗志，臣子如鸟兽散。破城前夕，崇祯杀死亲生骨肉，自尽于煤山，大难中，陈圆圆救下三岁的小皇子。李自成进京后，开国大顺，登基为帝并搜捕小皇子，同时他极力拉拢驻守在山海关的吴三桂，同时，关外的多尔衮也在劝降吴三桂。
　　李自成的部将刘宗敏爱上了陈圆圆，强行住进吴府。
　　吴三桂终于决定“归汉不归夷”率军归降李自成，但在进京路上遇见管家，惊闻父亲被义军杀死，爱妾被刘宗敏强占……吴三桂怒发冲冠，立刻调头返回山海关。关前吴三桂又遇见亲自来劝降的庄妃与洪承畴，同意“顺清”，并借清兵剿灭大顺军，以图光复大明。
　　多尔衮为利用吴三桂，封其为平西王，并与他杀马为誓，将八旗军全交给他指挥。
　　京郊，清军、吴三桂的骑兵合击大顺军，李自成兵败，只得匆匆退出北京，临行前，刘宗敏不舍陈圆圆，强行带走了她，吴三桂大胜，但他想进京与陈圆圆相会时，却发现整个京城都住满了八旗军，多尔衮甚至不准吴三桂进城祭奠崇祯与家父，严令他继续追杀大顺军。吴三桂只得在城外遥遥拜祭，之后立刻统兵追杀残余的大顺兵，同时寻救陈圆圆。
　　山野，吴三桂与负伤的刘宗敏决斗，陈圆圆牵着小皇子奔来，试图阻止，但苦劝无效，她眼见着吴三桂杀死了善良的刘宗敏。……也就这时，李自成也在深山力战而亡，京城里小顺治被迎上了太和殿，满清占领了天下。吴三桂与陈圆圆破镜重圆了。
　　首先，多尔衮“以汉剿汉”令吴三桂南下追剿大明残余。在进兵路上，天下百姓都在唾骂吴三桂与陈圆圆，认为这一对痴男怨女是祸水，祸国殃民导致了大明灭亡，这时吴三桂倍感痛苦与悲愤……
　　接着，多尔衮在全国范围内搜杀“朱三太子”，而这个小皇子正依偎在陈圆圆怀抱中，相互之间已亲如姐弟……最令吴三桂痛苦的是，这时的陈圆圆突然怀孕了，吴三桂搞不清陈圆圆肚里孩子是自己的？崇祯的？还是刘宗敏的？……甚至连陈圆圆也搞不清。吴三桂觉得自己作为一个男子汉，忍受着天下最大屈辱！当满清密使要进军营搜查朱三太子时，吴三桂为了避免灾难缠身，当着陈圆圆的面，竟然愤恨的摔死那个三岁的小皇子！……剧痛之下，陈圆圆晕倒。
　　黎明时，吴三桂命令拔营南下，当他走进陈圆圆帐中时，只看见一把扯断银弦的琵琶，从此陈圆圆不知所终……
　　至此，崇祯年间大明、满清、大顺三方，改朝换代中的风云人物，流入历史长河……

　　大明万历九年，在杭州举行“新派相 亲”的活动。董其昌（邱心志 饰）与陈继 儒（何明翰 饰）去杭州寻找好友江怀一 （李昌元 饰），途中遇劫匪被林天 素（孙耀琦 饰）相救。在活动中，董其 昌与林天素闺蜜杨云友（唐艺昕 饰）眼 看就要相亲成功了，却被衙门的人抓 走。当董其昌得知杨云友真实身份是“瘦 马”后感情受挫。杨云友被逼离家出走， 路中遇见董其昌同父异母的弟弟是空 （李晓川 饰），是空见杨云友美貌又是 董其昌爱人便心起歹念，是空找来街头 混混黄天监（李亭哲 饰）冒充董其昌与 杨云友结婚，结果计划失败，是空怀恨在心，追到了京城绑架杨云友不成反被 告到京城衙门。董其昌来京城任职被张 居正之女张希真看上，张希真见董其昌 心里只有杨云友，无奈之下勾结是空追 杀杨云友。杨云友得知张希真的事情 后，为了保全董其昌决定嫁人让董其昌 死心。是空追到杭州准备炸药想要炸死 所有人未遂反被董其昌带来的官兵擒 住，董其昌与杨云友等人姻缘终得团圆 结局。

　　受人尊敬的正义法官秦誉（张家辉 饰），为掩盖儿子交通肇事逃逸真相，不惜将自己拖入罪恶深渊，在法官职责与父亲身份间陷入两难，高级督察唐萱（胡杏儿 饰）在调查中发现端倪，逐步揭开案件背后隐藏的父爱牺牲与程序正义的冲突，一场关于父爱与正义的终极博弈就此展开。

　　距离第三季结尾已经过去一年时间了，Christine Johnson在第三季结尾的悲剧中丧生，异常点研究中心的三名核心队员（Danny、Connor和Abby）仍然下落不明，英国内政部对Lester的领导能力产生了怀疑－－他们认为Lester根本无力独自指挥这样一个危险而耗资巨大的项目。内政部决定为异常点研究中心注入新鲜血液：Philip Burton。Philip既是一个著名的科学家，也是一个富可敌国的商人。异常点研究中心变更为「公私合营」后，总部也搬到了Philip的工业大厦里－－这里每天都有很多科学家进进出出，与原来异常点研究中心的「军管」氛围完全不同。也正是因为如此，「谁是异常点研究中心的实际控制者？」成了一个无解的问题－－尽管Lester继续负责研究中心的日常事务，但财政大权和部分行动的决定权却在Philip手中。
　　为了填补Connor、Abby和Danny失踪后留下的空白，异常点研究中心聘请Matt担任新的外勤队长，负责处理怪兽入侵事件。Matt当过兵，也当过动物学家，对动物有着超乎常人的亲和力。Matt寡言少语，很少谈论自己的过去，他加入异常点研究中心的真实目的始终是个谜。Connor以前担任的「科技总监」的职责由新人Jess接管，这位对技术十分痴迷的女孩现在控制着异常点研究中心的一切技术活。与此同时，Jess悄悄爱上了Becker上尉，但粗心的Becker浑然不知。自从异常点研究中心被毁后，Becker便离开了军队。他认为自己该为Connor等人的失踪负责。他现在以平民的身份担任新异常点研究中心的警卫队长，配备了新的制服和新的泰瑟枪。
　　与此同时，被困在白垩纪的Connor和Abby依靠树根和虫子为食，艰难地熬过了一年时光。在这一年里，他们学到了很多对付远古怪兽的方法，听觉、感觉、触觉、嗅觉和动作都敏锐了许多。正所谓患难见真情，Abby和Connor更加亲密了……但现在似乎不是谈情说爱的好时机。务实的Abby比爱幻想的Connor更能适应他们现在的处境，更何况Connor是个科技迷，离开那些高科技设备让他感觉很难受。他们最终回到了正确的时间线，但……异常点研究中心的变化实在是太大了！